Реки: Низ територијата на Општина Карпош тече реката Вардар која е најголема река на територија на Република Македонија (вкупна должина 388 км.). Низ Карпош исто така тече и реката Лепенец.

Планини: Планината Водно е сместена во јужниот дел на Скопската котлина. Водно има поволна географска положба, бидејќи во негова близина се наоѓаат важни патишта, железници и најпосетуваната локација во Македонија - градот Скопје. Највисоката точка на Водно е врвот Крстовар, 1066 m.